Mondo Rescueはファイルシステムレベルでデータをバックアップ又はリストアし、データをブロックレベルで扱いません。このため、カーネルがサポートしないファイルシステム上のデータについては、バックアップが基本的にはできません。
現在サポートされているファイルシステムはLVM 1/2, RAID, ext2, ext3, ext4, JFS, XFS, ReiserFS, VFATとその他のカーネルがサポートするローカルファイルシステムです。もちろん、ネットワークファイルシステムのNFS、CIFSについて対応します。